Agrément CIR et CII : calendrier et clés de réussite

Mise à jour : janvier 2026⏱️

Les agréments Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et Crédit d’Impôt Innovation (CII) constituent des leviers stratégiques majeurs pour les entreprises intervenant dans des projets de R&D et/ou d'innovation.

Depuis la généralisation de la plateforme CIROCO, l’État a profondément modernisé la procédure d’agrément CIR. Pour 2026, le calendrier officiel, les délais d’instruction et les attendus du ministère sont désormais clairement établis.

En tant qu’experts du CIR, nous vous proposons un décryptage opérationnel et à jour de la procédure, basé sur les sources officielles du Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et notre expérience d'accompagnement sur le terrain.

Sommaire

1. Comprendre l’agrément CIR / CII

2. CIROCO : la plateforme officielle unique pour le CIR

3. Le calendrier officiel des agréments CIR

4. La procédure en ligne étape par étape pour l'agrément CIR

5. Les attendus du MESRE

6. Les formalités pour obtenir un agrément CII

7. Évolution et tendances des demandes d’agrément

8. Pourquoi sécuriser son agrément avec Axinnov

Tout savoir sur les procédures d'agrément CIR et CII

1. Agrément CIR et CII : de quoi parle-t-on exactement ?

L’agrément CIR

L’agrément CIR est délivré par le Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Espace (MESRE). Il permet à un organisme qui réalise des travaux de recherche et développement pour le compte de tiers de rendre ces dépenses éligibles au titre du CIR chez le donneur d’ordre. Celui-ci peut ensuite valoriser ces factures de prestations de R&D dans son propre CIR, et récupérer 30% des montants facturés sous la forme de crédit d'impôt.

⚠️ L’agrément est donc un facteur clé de compétitivité commerciale pour les prestataires de R&D.

L’agrément CII

L’agrément CII s’inscrit dans la continuité du CIR et concerne les travaux de prestations lors du développement d'un nouveau produit innovant sur le marché. Cela peut par exemple concerner la conception de prototypes ou des installations pilotes de nouveaux produits, réalisés pour le compte de PME éligibles au Crédit d’Impôt Innovation. Celles-ci peuvent ensuite valoriser ces factures de prestations d'innovation dans leurs propres CII, et récupérer 20% des montants facturés sous la forme de crédit d'impôt.

2. CIROCO : la plateforme officielle de référence pour le CIR

Une dématérialisation désormais obligatoire

La plateforme CIROCO (CIR Outil Collaboratif) est le seul canal officiel pour :

• Déposer une demande d’agrément CIR,

• Renouveler un agrément existant,

• Échanger avec l’administration instructrice.

Toute demande hors plateforme CIROCO est irrecevable.

La plateforme est accessible à l’adresse officielle du gouvernement :(ciroco.recherche.gouv.fr)

Les bénéfices concrets de CIROCO

✅ Centralisation des démarches

✅ Traçabilité complète des échanges

✅ Suivi en temps réel de l’instruction

✅ Sécurisation des documents

✅ Harmonisation nationale des pratiques

Pour les entreprises candidates, cela implique en revanche un niveau d’exigence documentaire élevé.

3. Calendrier officiel des agréments CIR

Date limite de dépôt 2026

15 mars

Toute demande initiale d’agrément CIR doit impérativement être déposée sur CIROCO avant le 15 mars 2026 pour que l'agrément soit accordé à partir de l'année 2026.

Passé cette date :

• Le dossier n’est pas instruit pour l’année en cours,

• L’agrément ne pourra produire d’effet qu’à partir de l’année suivante.

30 Novembre

Toute demande de renouvellement d'agrément CIR doit être déposée sur CIROCO avant le 30 novembre de la dernière année d'agrément accordé.

Exemple : une structure agréée CIR de 2023 à 2026 devra déposer son dossier de demande de renouvellement d'agrément avant fin novembre 2026.

Délai d’instruction officiel

Jusqu’à 8 mois

Le MESRE indique un délai d’instruction pouvant aller jusqu’à 8 mois, à compter du dépôt d’un dossier complet et recevable.

En pratique :

• Les demandes déposées en mars 2026 peuvent recevoir une décision entre octobre et novembre 2026,

• Toute demande de pièces complémentaires suspend le délai.

Durée de validité

L'agrément est délivré pour 3 ans, ou 5 ans à partir de la 4ème demande.

4. Procédure d’agrément CIR : les étapes clés

Étape 1 – Création du compte CIROCO

• Identification de l’organisme (SIREN/SIRET),

• Désignation du représentant légal,

• Accès sécurisé à l’espace de dépôt.

Étape 2 – Constitution du dossier scientifique et technique

Le cœur du dossier repose sur la démonstration de la capacité réelle à mener des travaux de R&D.

Le MESRE attend notamment :

• Une présentation détaillée de l’organisme,

• Les moyens humains (CV, diplômes, compétences),

• Les moyens matériels et techniques,

• Les références de projets de recherche,

• Les modalités de contractualisation et de propriété intellectuelle.

Étape 3 – Dépôt en ligne

Le dépôt comprend :

• Formulaires CIROCO complétés,

• Pièces justificatives téléversées,

• Validation finale par le représentant légal.

Étape 4 – Instruction administrative et scientifique

L’instruction est menée par les services du MESRE et peut inclure :

• Une analyse scientifique approfondie,

• Des demandes de compléments,

• Une appréciation de la cohérence globale des moyens.

⚠️ Attention : Il n'existe aucune rétroactivité pour les agréments expirés.

5. Les attendus du MESRE : ce qui fait la différence

Une exigence renforcée sur la réalité des moyens

En 2026, l’administration porte une attention particulière à :

• La qualification effective des équipes,

• La cohérence entre moyens humains, moyens matériels et volume d’activité déclaré,

• La capacité à produire des livrables de R&D traçables.

Une lecture stricte de la notion de R&D

Les projets présentés doivent relever :

• De la recherche fondamentale ou appliquée,

• Du développement expérimental, au sens strict du manuel de Frascati.

Les activités purement techniques, d’ingénierie standard ou d’intégration sont insuffisantes. Il est nécessaire de justifier que l'ensemble des critères de la R&D définis par le Manuel de Frascati sont bien validés pour le projet présenté. Pour cela, la qualité de rédaction de l'état de l'art est primordiale et la formalisation des verrous scientifiques ou techniques à lever est également indispensable.

Une structuration documentaire déterminante

Les dossiers les mieux notés sont ceux qui structurent clairement leurs projets, démontrent une méthodologie scientifique et appuient leurs propos par des éléments factuels (publications, résultats, verrous scientifiques).

6. Les formalités pour obtenir un agrément CII

L’agrément Crédit d’Impôt Innovation (CII) fait l’objet d’une démarche dédiée lorsqu’il est demandé sans agrément CIR. Cette procédure s’adresse exclusivement aux entreprises non titulaires d’un agrément CIR en cours de validité et souhaitant intervenir comme sous‑traitant innovation pour des PME françaises.

Où déposer la demande d’agrément CII ?

La demande d’agrément CII s’effectue uniquement en ligne, via la plateforme officielle de l’État demarche.numerique.gouv.fr. L’accès à la démarche nécessite :

• une authentification via FranceConnect, ou

• la création d’un compte sur demarche.numerique.gouv.fr.

La démarche est gérée par la DRIEETS Ile-de-France, via son Pôle National d’expertise du CII, qui permet de solliciter un agrément CII couvrant les exercices 2026 à 2030. Elle est ouverte à toute entreprise établie dans l’Union européenne réalisant des travaux d’innovation pour le compte de PME françaises. (demarche.numerique.gouv.fr)

⚠️ Les entreprises déjà titulaires d’un agrément CIR ou déposant une demande conjointe CIR + CII doivent utiliser une procédure distincte, via le portail CIROCO.

Délai d'instruction pour une demande d'agrément CII

Selon nos estimations, à partir des délais d’instruction constatés sur 90% des demandes qui ont été traitées lors des 30 derniers jours, les délais d’instruction sont les suivants

• Dans le meilleur des cas, le délai d’instruction est : 11 jours.

• Les dossiers demandant quelques échanges le délai d’instruction est d’environ : 13 jours.

• Si votre dossier est incomplet ou qu’il faut beaucoup d’échanges avec l’administration, le délai d’instruction est d’environ 16 jours.

⚠️ L'agrément CII reconnaît la capacité de l'entreprise sous-traitante à mener des travaux d'innovation. Mais il ne préjuge pas de l'éligibilité au CII des opérations réalisées pendant sa période de validité.

7. Évolution des demandes d’agrément : tendances observées

Une augmentation continue des dépôts

Dans un contexte de forte mobilisation des dispositifs CIR et CII et d’externalisation accrue de certaines compétences de R&D, les demandes d’agrément restent à un niveau élevé, ce qui contribue à allonger les délais d’instruction. De plus, on constate sur le terrain une sélectivité accrue, en particulier pour les primo-demandeurs.

Une baisse du nombre de structures agréées sur les trois dernières années

Sur la base du fichier récapitulatif des structures agrées, publiées par le MESRE, il est possible de visualiser très concrètement cette sélectivité accrue dans l'analyse des dossiers de demande d'agrément CIR :

Un taux de succès très différencié

Les renouvellements bien préparés affichent un taux d’acceptation élevé tandis que les premières demandes échouent souvent par manque de structuration ou de preuves scientifiques.

⚠️ Le principal facteur d’échec reste un dossier techniquement faible, et non une inéligibilité de principe.

8. Pourquoi confier votre agrément CIR/CII à Axinnov ?

Chez Axinnov, nous accompagnons depuis de nombreuses années les acteurs de l’innovation dans leurs démarches CIR et CII.

Notre valeur ajoutée

✅ Analyse d’éligibilité approfondie

✅ Structuration scientifique du dossier

✅ Rédaction conforme aux attendus du MESRE

✅ Maîtrise complète de la plateforme CIROCO

✅ Sécurisation des échanges avec l’administration

Objectif : maximiser vos chances d’obtention dès la première demande.

Conclusion

L’agrément CIR et CII n’est pas une simple formalité administrative. En 2026, il s’agit d’un processus exigeant, normé et fortement concurrentiel.

✅ Date limite de dépôt : 15 mars 2026

✅ Délai d’instruction : jusqu’à 8 mois

✅ Plateforme unique : CIROCO

Anticiper, structurer et professionnaliser votre démarche est désormais indispensable.

Vous préparez un agrément CIR ou CII pour 2026 ?

Axinnov vous propose un diagnostic gratuit de votre éligibilité et un accompagnement sur mesure jusqu’à l’obtention de votre agrément.