Mise à jour de la doctrine fiscale CIR : précisions au 13 août 2025

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) constitue depuis de nombreuses années l’un des principaux leviers fiscaux de soutien à l’effort de R&D des entreprises françaises. Encadré par l’article 244 quater B du Code général des impôts (CGI), il fait régulièrement l’objet d’ajustements, au gré des lois de finances et des évolutions de la doctrine administrative publiée au Bulletin Officiel des Finances Publiques, le BOFiP.

Dans ce cadre, la loi de finances pour 2025 a apporté des modifications importantes dans les calcul du CIR, traduisant une volonté des pouvoirs publics de resserrer le périmètre des dépenses éligibles. Ces changements s’inscrivent dans un contexte budgétaire marqué par la recherche d’équilibre des finances publiques, mais aussi par une volonté de recentrer le CIR sur les dépenses directement liées à l’activité de recherche.

La mise à jour doctrinale du 13 août 2025 vient préciser les conditions d’application de ces nouvelles règles, leur calendrier d’entrée en vigueur et leurs implications pratiques pour les entreprises. Elle constitue un document de référence indispensable pour sécuriser le calcul du crédit d’impôt, notamment au titre de l’exercice 2025, qui sera marqué par une application différenciée des règles avant et après le 15 février.

Évolutions législatives intégrées dans la doctrine CIR

Réduction de l’assiette du CIR

À compter de la loi de finances 2025, plusieurs postes de dépenses ne sont plus éligibles :

• L'ensemble des frais liés aux brevets et aux certificats d’obtention végétale (COV), incluant les frais de dépôt, maintien, défense mais également les dotations aux amortissements de brevets ou COV acquis, sont exclus de l’assiette.

• Les dépenses de veille technologique sont également supprimées.

Ces exclusions resserrent notablement la base de calcul du CIR telle que prévue à l’article 244 quater B du CGI.

Suppression du dispositif « Jeunes Docteurs »

Le mécanisme incitatif permettant de doubler les dépenses de personnel relatives aux docteurs recrutés pour la première fois en CDI est supprimé. En conséquence, le doublement corrélatif appliqué au calcul des frais de fonctionnement sur cette catégorie de personnel disparaît également. Les jeunes docteurs peuvent continuer d'être valorisés dans le CIR s'ils participent à la R&D, mais sans ce dispositif leur coût est repris de la même manière qu'un ingénieur ou technicien classique.

Réduction du taux des dépenses de fonctionnement

Le forfait applicable aux frais de fonctionnement est abaissé de 43 % à 40 % poru la part liée aux dépenses de personnel. Le taux de 75 % demeure applicable aux dotations aux amortissements. Le nouveau calcul des frais de fonctionnement est donc : [40% des dépenses de personnel + 75% des dotations aux amortissements]

Redéfinition des subventions publiques

La doctrine précise que doivent être déduites de l’assiette du CIR toutes les aides versées par des personnes morales de droit public ou par des personnes privées chargées d’une mission de service public, lorsqu’elles financent des opérations ouvrant droit au crédit d’impôt (CGI, art. 244 quater B, III). Cette précision vise notamment les subventions versées par Bpi France, structure de droit privée chargée d'une mission de service public.

Prorogations des dispositifs complémentaires

• Le Crédit d’Impôt Innovation (CII) est prorogé jusqu’au 31 décembre 2027, mais son taux passe de 30 % à 20 %.

• Le Crédit d’Impôt Collection (CIC) est également prorogé jusqu’à la même échéance, sans modification de taux.

  
  

Précisions doctrinales d’application

Entrée en vigueur et ventilation temporelle

Les nouvelles règles s’appliquent aux dépenses exposées à compter du 15 février 2025. Ainsi :

• Les dépenses engagées entre le 1er janvier et le 14 février 2025 restent soumises à l’ancien régime.

• Celles exposées à partir du 15 février 2025 relèvent du régime post-loi de finances.

En revanche, la prorogation des dispositifs CII et CIC, ainsi que l’abaissement du taux du CII, s’appliquent rétroactivement au 1er janvier 2025.

Nouvelle composition de l’assiette du CIR après le 15 février 2025

L’assiette se compose désormais de :

• dépenses de personnel (sans doublement « Jeunes Docteurs »),

• amortissements des immobilisations affectées à la recherche,

• frais de fonctionnement forfaitaires (40 % des dépenses de personnel et 75 % des amortissements),

• dépenses externalisées éligibles,

• dépenses de normalisation.

Le tout diminué des subventions publiques reçues.

À ce stade, la doctrine ne précise pas encore la notion de « fait générateur » des dépenses engagées avant le 15 février, ce qui laisse subsister une zone d’incertitude dans la ventilation des projets en cours.

Récapitulatif des évolutions CIR / CII à partir de 2025

Quels impacts pour les entreprises ?

La suppression du dispositif « Jeunes Docteurs » et l’exclusion des frais de brevets peuvent peser significativement dans les budgets R&D, aussi bien pour les start-ups et PME innovantes, dont les business plan sont souvent tendus les premières années d'investissement en R&D, que pour les grands groupes qui avaient recours massivement à ces leviers. La baisse du forfait de fonctionnement, même limitée à trois points, représente également une diminution mécanique du crédit généré. Les entreprises devront donc ajuster en conséquence leur planification budgétaire.

En parallèle, la redéfinition des subventions publiques impose une vigilance accrue. Désormais, l’origine des aides (personne publique ou privée investie d’une mission de service public) devient déterminante. Une mauvaise qualification des subventions reçues pourrait conduire à des redressements fiscaux.

Pour les start-ups et PME innovantes, l’impact est accentué par le taux réduit du CII. Ce changement réduit la puissance de l’incitation pour les dépenses de développement de nouveaux produits innovants. Toutefois, la prorogation du dispositif jusqu’en 2027 assure une certaine visibilité pluriannuelle.

Pour l'ensemble des acteurs, il sera stratégique d'être à l'écoute des opportunités de financement via d'autres dispositifs dédiés à la R&D ou à l'innovation (aides Bpifrance, ADEME, programmes européens, etc.).

Un resserrement du dispositif CIR à anticiper

Cette mise à jour marque un resserrement significatif de l’assiette et des taux applicables au CIR et au CII. Elle traduit une volonté politique claire de faire des économies en ciblant davantage les dépenses de recherche stricto sensu.

Avec ces changements, l’enjeu est double pour les entreprises :

• sécuriser le calcul du CIR 2025 en respectant la ventilation chronologique avant/après le 15 février,

• adapter leur stratégie de financement de l’innovation en tenant compte de la baisse des taux et de l’exclusion de certains postes.

  
  

La doctrine complète est consultable sur le site des commentaires officiels des dispositions fiscales de la direction générale des finances publiques : https://bofip.impots.gouv.fr/bofip/4678-PGP.html/identifiant%3DBOI-BIC-RICI-10-10-20250813BOFiP-Impôts

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